Wanneer je in Puzzle Bobble Everybubble! een stage volledig oplost binnen bepaalde voorwaarden, komt er een speciale EX-stage uit. Dit zijn extra moeilijke levels die zelfs de meest hardcore Puzzle Bobble spelers zal doen sidderen van angst. Op deze manier kun je ook personages vrijspelen die je kunt gebruiken tijdens Battle-mode. Met deze modus kun je het opnemen tegen andere spelers.
De story mode en EX-stages zorgen voor een flinke stapel levels, maar het is dan nog niet volledig. Ook is er de Baron's Tower en zijn er verschillende stage-varianten die afhankelijke zijn van de hoeveelheid spelers waarmee je speelt. Alles bij elkaar opgeteld praat je over honderden levels.
Afgelopen vrijdag is er een video uitgebracht op YouTube waarin de ontwikkelaars samen met Bub gameplay-beelden laten zien van en EX stage. De video is volledig in het Japans, maar bevat Engelse ondertiteling.