Het is mogelijk dat een 3DS waarop illegale software draait onbruikbaar wordt na updates van de software.
In de handleiding van de 3DS staat het volgende: "Nadat het Nintendo 3DS-systeem is bijgewerkt, kunnen bestaande of toekomstige ongeoorloofde technische modificaties van de hardware of software van je Nintendo 3DS-systeem, of het gebruik van ongeoorloofde apparatuur met je systeem, tot gevolg hebben dat het systeem permanent ophoudt te functioneren. Content die terug te voeren is op ongeoorloofde modificaties van de hardware of software van je Nintendo 3DS-systeem kan worden verwijderd. Als je deze update niet accepteert, kan dit tot gevolg hebben dat spellen onspeelbaar worden."
Of dit van toepassing is op Homebrew is nog niet bekend.