Nintendo heeft gewaarschuwd voor het effect van 3D beelden op jonge kinderen. Kinderen onder de 7 jaar zullen niet in aanraking mogen komen met 3D en met de 3DS.
Het bedrijf zegt dat dit beleid in lijn is met andere waarschuwingen over 3D content zoals die van films. De president van Nintendo Amerika, Reggie Fils-Aime, vertelde dat Nintendo met experts aan het werk is om de beste producten op de markt te brengen. Het protocol is in de film industrie al algemeen bekend. De oogspieren van kinderen onder de 7 jaar oud zijn nog niet helemaal volgroeid. Daarom is het niet goed als ze in aanraking komen met 3D beelden. De 3DS bevat een slider bar, waarmee je het 3D effect in kunt stellen.